検査の結果、実際に口臭がある場合、その原因によって治療法が変わってきます。たとえば、病気が原因となっていない生理的な口臭の多くは、舌苔が原因のことが多く、舌苔をきれいにとることでよくなります。
しかし、実際の診療では舌苔の清掃指導だけではなく、歯周病のケア（歯石の除去や歯のクリーニング）と歯磨き指導もあわせて行います。そのため、症状がよくなった後も定期的にみていくことになります。
口の中の病気が原因の口臭では、歯周病が原因となっている場合が多く、歯周病を治療することで口臭も減っていきます。また、唾液の量が少ないことが原因の口臭では、歯科医師や歯科衛生士による徹底した口の中の清掃指導に加え、唾液の量を増やすような運動などが必要となります。
口の清掃や治療をしてもよくならない人は、からだの病気が原因の口臭の場合があります。そのためには、においが本当に口の中から発生していないのかもう一度確かめる必要があります。
もし、からだの病気が原因の口臭だと疑われるようであれば医科の病院を紹介することになります。しかし、からだの病気が原因の口臭であっても、口の中の状態が悪く、それが口臭の発生に影響している場合には、並行して歯科治療も行います。